ALucaBOLは、アジア産クワガタムシ類DNA barcodeデータベースです。DNAバーコードは特定の遺伝子領域の短い塩基配列を用いて生物種の同定を促進する手法で、動物では、ミトコンドリアゲノム上のCOI遺伝子の5′端約650塩基長が標準的なバーコード領域とされています。昆虫類ではチョウ目、ハエ目、コウチュウ目、ハナバチ類等で進められています。
ALucaBOL はDNA バーコードデータとして、 LCO/HCOやLepF1/LepR1プライマーを用いた動物に一般的なCOIバーコード領域を用いています。ALucaBOLのデータ数は2015年2月20日現在32件あります。これらのデータはいずれもbarcodeデータとともに、その証拠標本がGBIF(地球規模生物多様性情報機構)の標準書式 Darwin Core に従って作成され、学名、採集年月日、採集地、採集者等40項目を収録しています。今後順次データを蓄積し公開の予定です。
ALucaBOLは、テキストデータベース管理システムSIGMAにより運用されています。
本データベースは日本学術振興会の科学研究費研究成果公開促進費(データベース)(代表者:多田内 修)の補助を受けています。
本データベースは、研究・教育用に無料で公開しています。
データの項目とタグは下記の40項目です。
1. | (DATE) | Date Last Modified |
2. | (SID) | DNA Sample ID |
3. | (ALucaBOLID) | ALucaBOL ID |
4. | (GenBank) | GenBank Accesssion No. |
5. | (BOLD) | BOLD ID |
6. | (GEN) | Genome |
7. | (LOCUS) | Locus |
8. | (PCR) | PCR Primers |
9. | (SEQ) | Sequence |
10. | (IST) | Institution Code |
11. | (COLC) | Collection Code |
12. | (NAME) | Scientific name |
13. | (JPNAME) | Japanese name |
14. | (BR) | Basis of Record |
15. | (KING) | Kingdum |
16. | (PHY) | Phylum |
17. | (CL) | Class |
18. | (OR) | Order |
19. | (FAM) | Family |
20. | (GEN) | Genus |
21. | (SP) | Species |
22. | (SSP) | Subspecies |
23. | (AU) | Scientific Name Author |
24. | (IDENT) | Identification By |
25. | (YIDENT) | Year Identified |
26. | (TYPES) | Type Status |
27. | (COL) | Collector |
28. | (COLD) | Collecting Date |
29. | (C) | Country |
30. | (STATE) | State Province |
31. | (COUNT) | County |
32. | (LOC) | Locality |
33. | (LON) | Longitude |
34. | (LAT) | Latitude |
35. | (SEX) | Sex |
36. | (TYPE) | Preparation Type |
37. | (RCAT) | Related Catalog Item |
38. | (SDEP) | Specimen Depository |
39. | (PUB) | Publication |
40. | (NOTE) | Notes |
Date Last Modified | |
DNA Sample ID | Bep1 |
AAntBOL ID | |
GenBank Accesssion No. | AB700004 |
BOLD ID | |
Genome | Mitochondrial |
Locus | COI (cytochrome c oxidase subunit I) |
PCR Primers | LepF1/LepR1 |
Sequence | GGAATAATTGGAACTTCACTAAGAATTTTAATTCGAAGAGAATTAGGACACCCTGGTTCTTTAATTGGAAATGACCAAAT TTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCAATTATAATTGGAGGGTTTGGAA ATTGACTAGTTCCTTTAATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCT CCTTCTTTAATAATTTTATTATCAAGTAGAATAGTAGAAAATGGATCTGGAACAGGATGAACAGTTTACCCTCCTTTATC ATCAGTAATTGCTCATGGAGGAGCATCTGTTGATTTAACAATTTTCTCTCTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAG GAGCAGTAAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGATCAATAAATTTTTCATTAAATTTTATTCCTTTATTTGTTTGA TCAGTAATTATTACAGCTTTGTTACTTTTATTATCTTTACCAGTATTAGCTGGAGCAATTACTATATTATTAACGGATCG AAATTTAAATACATCTTTTTTTGA |
Institution Code | BLKU |
Collection Code | |
Scientific name | Bessa parallela (Meigen) |
Japanese name | ムラタヒゲナガハリバエ |
Basis of Record | |
Kingdum | Animalia |
Phylum | Arthropoda |
Class | Insecta |
Order | Diptera |
Family | Tachindae |
Genus | Bessa |
Species | parallela |
Subspecies | |
Scientific Name Author | (Meigen) |
Identification By | Takuji Tachi |
Year Identified | 2010 |
Type Status | |
Collector | Takuji Tachi |
Collecting Date | 18/07/2005 |
Country | JP(JAPAN) |
State Province | Fukuoka |
County | |
Locality | Fukuoka City, Mt. Sefuri |
Longitude | |
Latitude | |
Sex | F |
Preparation Type | Normal |
Related Catalog Item | |
Specimen Depository | Kyushu University |
Publication | Molecular phylogeny and host use evolution of the genus Exorista Meigen (Diptera: Tachinidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 66: 401-411. |
Notes |
出版物・利用マニュアル・解説として、下記のものがあります。
Tadauchi, O., C. Hirosawa, H. Inoue, T. Sugimoto, R. Murao, N. Takahashi, S. Sato, K. Mitai and Y. Hara, 2009. Specimen database AIIC, Asian insect information center database, based on types and normal specimens collected in Asia and the Pacific Area, Part 1. Esakia, (49): 1-5.
本データベースの著作権は、昆虫学データベース作成グループ(代表:多田内修、編集者:荒谷邦雄、小田切顕一、西田伸、細谷忠嗣、システム管理: 井上仁、上塘深)に帰属します。本データベースの複製・転載・販売等の二次利用を堅くお断りします。
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